医学工程学教研室成立于2013年，原挂靠在基础部，后转至原医学二系，现隶属于beet365。教研室主要负责生物医学工程、医学影像学、麻醉学、医学影像技术、医学信息工程等专业的医疗仪器设备相关的专业基础及专业课程教学。课程包括：生物医学工程概论、电工学、模拟电子学、数字电子技术、模拟电路与数字电路、电子线路设计、生物医学传感技术、信号与系统、数字信号处理、单片机（基于C语言）、嵌入式系统设计、医学成像原理、医学信号与图像处理、医用电子学等20余门课程。2022年和2024年被评为校级“先进集体”。

医学工程学教研室从建立初期的4人发展到今天的19人，现有教授2人，副教授4人，副研究员1人，具有博士学位10人，博士率达53%，是一支团队结构合理、专业基础扎实、充满活力的教学团队。教研室全体教师团结友爱、互帮互学，在高质量完成教学工作的同时，积极参与教学研究与教学改革活动。教学研究涵盖集体备课、新课程试讲、新教学方式改革等内容，教学改革包括课程建设、教学方法及教学手段改革、教材建设等多个方面，均取得了显著成果。

医学工程学教研室全体教师在长期的建设和发展中，积极进取、努力工作、大胆改革、勇于创新，在教学和科研方面取得了显著的成绩。获批国家级虚拟仿真实验教学一流课程“CT 成像原理演示与仿真操作”。教研室教师近年来主持省级质量工程项目及校级质量工程项目10余项。同时，联合医学影像学与生物医学工程实验实训中心，指导多个专业员工，获批国家级和安徽省老员工创新创业训练计划项目14项，获国家级及省级老员工计算机设计大赛三等奖及以上6项，获国家发明专利3项，指导生物医学工程专业员工参加学科技能竞赛获全国老员工生物医学工程创新设计竞赛二等奖1项，三等奖2项，及其他各级各类奖项若干。1名教师入选校第二批学术和技术带头人后备人选（生物医学工程类），并获得安徽省线上教学名师、首届十佳教师等荣誉称号，并有多名教师被评为校级“优秀教师”、“最美教师”、“优秀班主任”等称号。

医学工程学教研室学术氛围浓厚，近年来教研室教师主持国家自然科学基金1项，主持或参与安徽省科技攻关项目、安徽省自然科学青年基金、安徽省教育厅重点项目等项目20余项。以第一作者和通讯作者在国内外学术期刊发表论文30余篇。